La ciudad de Loja fue fundada en dos ocasiones:la primera fue en el valle de Garrochamba(Valle de Catamayo en la actualidad) en 1546, con el nombre de La Zarza, bajo orden del General Gonzalo Pizarro; la segunda y definitiva fundación fue llevada a cabo por el CapitánAlonso de Mercadillo en el valle de Cuxibamba ("llanura alegre"), bajo orden de Pedro de la Gasca, tras haber sometido a Pizarro, el 8 de diciembre de 1548

El General Pizarro mandó fundar Loja con la intención de tener una ciudad fortalezaequidistante de las poblaciones en las que se había encontrado oro, esto es Zaruma y Nambija. Durante su época de oro llegó a tener tanta importancia como Quito o Guayaquil al ser la ciudad donde iban los recursos de las minas de oro que la rodeaban y al ser el eje económico de su área de influencia.

La última fundación fue realizada por Don Alonso de Mercadillo, quien era natural de la ciudad española de Loja, en Granada. En las crónicas de la conquista española, esta ciudad es nombrada como LOJA. Se asentó presumiblemente sobre una ciudad de los nativos americanos preexistente. Los pobladores de este valle se denominaban "Paltas" o al menos con esa denominación les reconocieron los conquistadores españoles.

Loja fue un punto de partida para la cuenca del Amazonas y la región de El Dorado para los conquistadores españoles. Declaró su independencia de España el 18 de noviembre de 1820. Es la primera ciudad del Ecuador en contar con energía eléctrica en el año de 1920.

Geografía 

En la década pasada Loja se hallaba ubicada en el valle Cuxibamba, pero debido a su crecimiento solamente el Centro Histórico de la ciudad se encuentra en dicho sector. Entre los lugares que encontramos en el valle de Cuxibamba o centro de Loja están: La Tebaida, San Sebastian, Cuarto Centenario, Puerta de la Ciudad, El Valle, entre otros, donde se asientan más del 70% de entidades financieras, comerciales, educativas.

Junto al sur oriente de la ciudad se encuentra el Parque Nacional Podocarpus, que se compone principalmente de páramo, bosque nublado y selva, es una enorme reserva de biosfera al cual se puede ingresar a través de un acceso ubicado sobre el Nudo de Cajanuma a solo 5 minutos del sur de la ciudad, específicamente del sector Capulí. El Río Zamora y Río Malacatos forman el delta sobre el que se asienta el Centro Histórico de la ciudad de Loja.