En la parte terrestre del Parque Jaragua se desarrolla una gran variedad de ecosistemas, entre los que se destacan grandes extensiones de bosques costeros y secos. En el parque se encuentran más de 400 especies de plantas como El Guanito que es endémico de esa zona y La Canelilla, una especie endémica y amenazada por sobreexplotación. Esta planta tiene varios usos tradicionales, sobre todo en la preparación de té e infusiones.En el Parque Nacional Jaragua está ubicada la isla Alto Velo, de origen volcánico y con una extensión de un kilómetro cuadrado. Por sus condiciones es de importancia vital para el anidamiento de aves marinas y otras especies endémicas.

Los reptiles son la especie que más habita en el Parque Nacional Jaragua, siendo endémicos en alto porcentaje y algunos de los cuales son exclusivos de este lugar. El solenodón, un mamífero endémico y amenazado, encuentra en el Parque Jaragua uno de los habitats más importantes para su sobrevivencia. En esa zona también existe uno de los bancos del Caribe más grande de la Paloma Coronita, una especie amenazada por la cacería. De la avifauna en el Parque Nacional Jaragua se conocen 130 especies, de las cuales 76 son residentes, 10 endémicas y 47 migratorias. Imagen de una iguana rinoceronte en el parque.